〔現校章〕
 
 
≫いわれ
創立当初は和服の袴姿で校章もなかったが、明治20年の制服着用の際に帽章として「商」の文字だけをつけていた。その後、明治30年のボート部設置の折、艇頭に掲げる旗のマークを募集し、本校深堀教諭のデザイン－星の形に「商」の字を重ねた印－が採用された。かつて世界の貿易船が、星を頼りに航海していた、その星を意味どったものである。

〔旧校章〕

まもなく正式な校章を制定するにあたり、時を同じくして長崎市が市章として「長」の字を草書体で星形に図案化したものを制定したのと符合するかたちで、明治32年、星形に「商」の字を入れた校章に決定した。その後、昭和23年、新制高校発足と同時に、星形の中に「商高」の文字を配した校章に改めた。

 
世界の船の集い寄る　　　　　あしたに磨く学と徳　　　　　進取の意気は大鵬の
文化の港瓊の浦　　　　　　　夕に鍛う身と心　　　　　　　図南の雄志ここに見る　　　　　　　
その景勝の地を占めて　　　　商業の道修め得て　　　　　　歴史も長き長崎の
峰も岩屋の山麓に　　　　　　富国の基開くべき　　　　　　栄を遠く伝えつつ
礎堅く聳え立つ　　　　　　　重き任務を担いつゝ　　　　　昇る朝日に我校の
長崎商業君見ずや　　　　　　はげむ健児に力あり　　　　　誉は世々に輝かん